Футбольный клуб «Рубин» был основан в 1958 году – в тот самый сезон, когда произошло расширение класса Б чемпионата СССР. В новый турнир была включена и команда из Казани – «Искра», составленная из игроков нескольких местных команд. Базовой для новичка стала команда авиационного завода №22 имени С.П. Горбунова (ныне – КАПО имени Горбунова), представлявшая Ленинский район г.Казани. Именно это предприятие оставалось бессменным спонсором клуба до конца советской эпохи.

В перерыве между сезонами 1964 и 1965 годов в истории казанского футбольного клуба произошло значимое событие – «Искра» сменила название и стала «Рубином». Идея нового названия принадлежала правлению казанского спортклуба. Название драгоценного камня «Рубин» пришло из латинского языка и означает «красный».

В 1965 году, по итогам первого же сезона с новым именем казанский клуб под руководством выдающегося тренера Николая Сентябрева завоевал право выступать во второй группе класса А.В период с 1968 по 1970 годы цвета «Рубина» защищал Виктор Колотов, который стал единственным игроком клуба, который вызывался в состав сборной СССР. В 1970 году «Рубин» оказался во вновь образованной  Первой союзной лиге, где (за исключением сезоном 1972 и 1973) выступал до 1977 года.

Распад Советского Союза не лучшим образом отразился на экономическом состоянии многолетнего спонсора клуба – КАПО имени Горбунова. «Рубин» настигли непростые времена вплоть до того, что существование команды оказалось под вопросом. Выжить помогло сотрудничество с казанской финансовой структурой «ТАН»: в 1992 – 1993 годах команда даже добавляла название спонсора к своему. Но вскоре «Рубин» лишился своих спонсоров и перешел на баланс города.

Очередной эпохальной датой в истории клуба стало 4 августа 2001 года – в этот день на тренерском мостике «Рубин» возглавил Курбан Бердыев. Именно с этим специалистом, который на протяжении 12 лет руководит командой, связаны самые успешные годы в 55-летней истории клуба. В 2003 году «Рубин» дебютировал в Премьер-лиге, сходу завоевав бронзовые медали. В 2008 году, в год своего 50-летия, «Рубин» впервые стал чемпионом страны, повторив это достижение сезоном позже.

7 марта 2010 года «Рубин» впервые завоевал Суперкубок России, в «Лужниках» обыграв московский ЦСКА со счетом 1:0. Единственный гол забил Александр Бухаров. Последним трофеем, не покорявшимся «Рубину» на внутренней арене, оставался Кубок страны, но и эта вершина была взята в сезоне 2011/2012. В финальном матче, который состоялся 9 мая 2012 года в Екатеринбурге, «Рубин» был сильнее московского «Динамо» 1:0. Единственный мяч забил Роман Еременко. 

14 июля 2012 года казанский клуб во второй раз взял Суперкубок, в Самаре переиграв питерский «Зенит» со счетом 2:0 (авторы голов – Сальваторе Боккетти, Владимир Дядюн).

В 2009 и 2010 годах «Рубин» выступал на групповом этапе Лиги чемпионов, оба раза оказавшись третьим в своих группах. В Лиге Европы (Кубке УЕФА) команда выступает с 2004 года, а наивысшим достижением в турнире стал выход в четвертьфинал в сезоне 2012/13 годов.

ПРЕЖНИЕ НАЗВАНИЯ

С 1958 по 1964 годы – «Искра»

В 1992 и 1993 году – «Рубин-ТАН»