Футбольный клуб «Амкар» был основан 6 декабря 1994 года как команда пермского ОАО «Минеральные удобрения». Свое название команда получила от слияния слов аммиак и карбамид — основная продукция предприятия «Минеральные удобрения». Цвет формы «Амкар» получил благодаря партнерам из Милана, которые предложили играть в форме, похожей на экипировку команды из их родного города. В команде выступали работники данного предприятия. В 1994 году клуб был «подкреплен» некоторыми футболистами, выступающими в любительских лигах, и несколькими профессионалами. Команде удалось таким составом выиграть чемпионат Перми и Пермской области, а также кубок города. В декабре того же года клуб зарегистрировали для участия в турнире физкультурных коллективов. Несмотря на это, команда была приглашена для выступления в третьей лиге чемпионата России.

На следующий год команду усилили бывшие игроки местной «Звезды», и «Амкар» занял шестое место в третьей лиге, что позволило ему перебраться во вторую лигу.

«Амкар» считали командой-выскочкой, однодневкой, никто не верил в ее будущее. Однако в 1996 году пермяки сумели занять третье место в зоне ЦЕНТР второй лиги, а на следующий год команда финишировала уже второй. Эти три года дали клубу многое, и в первую очередь — профессионализм в плане ведения футбольного хозяйства. Многие лидеры той команды не приняли приглашение выступать в элитных клубах, а остались верны Перми. Речь идет о нынешнем полузащитнике «Зенита» Константине Зырянове и легенде пермского футбола Константине Парамонове.

Команда из года в год прогрессировала, в нее вливались деньги. И пусть суммы были небольшие, но они позволяли решать даже сложные задачи. Команда оказалась в Премьер-лиге и там задержалась. Но в 2010 году «Амкар» был на грани банкротства, у него не было денег даже на зарплату основным игрокам команды. Болельщики команды организовывали сбор средств в поддержку любимого клуба.

В январе 2011 года команда забрала свою заявку о выступлении в Премьер-лиге. Однако это было поспешным решением. «Амкар» сумел справиться с финансовыми сложностями и выступить в том сезоне.

Пермский клуб отметился единственным выступлением в европейском турнире. В Лиге Европы-2009/10 «Амкар» уступил в четвертом квалификационном раунде английскому «Фулхэму» (1:3, 1:0).